L'activité de la SJE ne se limite pas à celle des organes centraux (Assemblée générale annuelle, réunions semestrielles du Conseil et séances mensuelles du Comité directeur), à la publication des Actes ou aux éditions. Comme se plaisent à le rappeler les responsables de la Société, la vitalité de l'Émulation vient aussi de ses deux véritables « poumons » que sont les Sections, depuis les premières années, et les Cercles, depuis un quart de siècle.
14 Sections, réparties géographiquement sur l'ensemble du territoire suisse, regroupent toutes les personnes intéressées à promouvoir les buts de la Société. Chaque Section met en place annuellement son propre programme d'activités.
En plus des Assemblées générales qu'elles organisent année après année, les diverses Sections cultivent la sociabilité de leurs membres en les réunissant lors de sorties collectives à but culturel (visites d'expositions, de sites remarquables, etc.) ou lors de soirées familières (la plus courante se déroulant bien entendu au moment de la Saint-Martin). Mais l'essentiel des activités culturelles des Sections de l'Émulation se concentre autour des conférences et des spectacles, qui apparaissent comme les manifestations les plus souvent organisées durant ce dernier demi-siècle d'existence. Ces conférences et spectacles illustrent parfois des aspects de la vie culturelle jurassienne, permettent à des artistes locaux de se produire et de faire connaître leurs œuvres, et sont aussi souvent l'occasion pour les membres des Sections d'élargir leurs horizons en écoutant ou en admirant des productions générales dans les domaines des sciences, des lettres, des arts et de l'actualité.
Plus ou moins abondants et riches en informations, les rapports d'activité reflètent les ressources, le dynamisme et les passages à vide de chaque Comité, dont le secrétaire ou le président relate avec un soin du détail variable les manifestations organisées au sein de sa Section. De façon générale, ces dernières n'apparaissent pas refermées sur elles-mêmes, puisque plusieurs collaborent entre elles à l'organisation du circuit des conférences et des spectacles, et organisent des manifestations en liaison avec d'autres groupements ou sociétés. L'Université populaire, les centres culturels régionaux et différentes sociétés locales ou cantonales sont ainsi régulièrement associés aux activités des Sections de l'Émulation.
Créées dans le but de maintenir des liens étroits au sein de la diaspora jurassienne et de promouvoir à l'extérieur les buts de la Société, les Sections ont trouvé dans l'Émulation et tout au long du XXe siècle un moyen d'exprimer leur attachement à l'identité jurassienne. Elles se retrouvent aujourd'hui face à de nouveaux défis : à l'heure de la mondialisation, les Sections doivent donner un sens nouveau à leur existence et redéfinir leur champ d'action. Une réflexion de laquelle émergeront de nouvelles perspectives et, à n'en pas douter, une nouvelle dynamique.