Le Comité directeur est l'organe faîtier de la Société jurassienne d'émulation. Il a pour tâche de veiller au bon fonctionnement de la Société et de maintenir d'étroites relations entre ses différents organismes, avec ses partenaires culturels ainsi qu'avec les autorités politiques.
Le Comité directeur trace les grandes lignes de la politique culturelle de la Société, discutées au sein du Conseil et lors de l'Assemblée générale annuelle. Le Comité directeur agit ensuite comme organe exécutif de la Société.
Parallèlement, le Comité directeur développe ses propres activités culturelles. Ces dernières permettent de donner de nouvelles impulsions à la Société et de mettre en lien les compétences des Cercles et des Sections.
Le Comité directeur participe de près à la politique éditoriale de la Société et ratifie les décisions des Commissions des Actes et des Éditions.
Le Comité directeur est composé de 9 à 11 membres représentant les sensibilités géographiques et culturelles les plus diverses.